|
|
Proteomic analysis of posttranslation modifications in breast cancer cell line profiles
Predná, Nikola ; Laštovičková,, Markéta (referee) ; Strouhalová,, Dana (advisor)
Estrogenové a progesteronové receptory, stejně jako HER2 protein, jsou v současnosti klinicky nejužitečnějšími metabolickými markery u karcinomu prsu. Tyto markery umožňují určit typ nádoru a nejlepší možnosti jeho léčby. Jeden z nejagresivnějších typů tohoto onemocnění, triple-negative breast cancer (TNBC), však tyto klinicky stanovené biomarkery postrádá. To znamená, že hormonální terapie nebo cílené léky nepřicházejí v úvahu, takže je na výběr méně možností léčby. Aby bylo možné vyvinout nové léky na míru, je zásadní pochopení molekulárního základu onemocnění. V poslední době se mnoho studií zaměřuje na hledání biomarkerů na úrovni proteinů pomocí proteomiky. Proteiny, zejména jejich post-translační modifikace (PTM), jsou jádrem mnoha buněčných událostí a jejich odhalení může pomoci při pochopení mechanismů rakoviny prsu. Pro objevení molekulárních rysů TNBC, je cílem této studie porovnat proteomická data neléčených rakovinných buněčných linií s buňkami, které podstoupily retinoidní terapii. Důraz bude kladen na PTM, zejména glykosylaci a fosforylaci, Vimentinu a CD44, které byly navrženy jako potenciální biomarkery TNBC v předchozích studiích. Proteinová separace bude provedena pomocí 1D a 2D gelové elektroforézy nebo pomocí SEC-HPLC. Vzorky budou také podrobeny enzymatickému štěpení před identifikací pomocí MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie. V případě fosfoproteinového selektivního záchytu bude obohacení provedeno afinitní chromatografií s použitím hrotů pro obohacení fosfopeptidu TiO2 (TopTip). Glykosylované proteiny budou obohaceny pomocí WGA lektinové afinitní chromatografie. Proteiny s významnými rozdíly v PTM mezi ošetřenými a neošetřenými buňkami budou blíže hodnoceny pomocí proteinových databází (MASCOT, STRING a další). Data získaná ze studie budou případně použita k navržení potenciálních biomarkerů pro TNBC.
|
|
|
The effect of indole alkaloids on selected cell lines and DNA structures
Dobrovolná, Michaela ; Hoová, Julie (referee) ; Brázda, Václav (advisor)
G-quadruplexes (G4) are secondary DNA structures formed by a cluster of guanines that have been shown to play a role in many biological functions, including regulation of replication timing and repression of oncogene expression. In this work, four plant alkaloids (harmine, harmane, harmaline, and brucine) were tested as potential G4 ligands that could regulate, induce, or convert different G4 topologies. Furthermore, their effect on fibroblast cell line HDF164 and breast cancer cell line MCF-7 was studied, in which case a dose-dependent growth inhibition mechanism was demonstrated. Interaction with the parallel G4 promoter of the proto-oncogene c-Myc was confirmed for harmine, harmaline, and brucine, and with the hybrid G4 of telomeric DNA for harmine, harman, and harmaline. In addition, the ability of the tested compounds to interact with calf thymus double-stranded DNA (ctDNA) was verified by UV-Vis absorption spectroscopy. The methylation assay showed that the DNA of MCF-7 cells treated with harmine and brucine was hypermethylated.
|
|
|
Proteomic analysis of posttranslation modifications in breast cancer cell line profiles
Predná, Nikola ; Laštovičková,, Markéta (referee) ; Strouhalová,, Dana (advisor)
Estrogenové a progesteronové receptory, stejně jako HER2 protein, jsou v současnosti klinicky nejužitečnějšími metabolickými markery u karcinomu prsu. Tyto markery umožňují určit typ nádoru a nejlepší možnosti jeho léčby. Jeden z nejagresivnějších typů tohoto onemocnění, triple-negative breast cancer (TNBC), však tyto klinicky stanovené biomarkery postrádá. To znamená, že hormonální terapie nebo cílené léky nepřicházejí v úvahu, takže je na výběr méně možností léčby. Aby bylo možné vyvinout nové léky na míru, je zásadní pochopení molekulárního základu onemocnění. V poslední době se mnoho studií zaměřuje na hledání biomarkerů na úrovni proteinů pomocí proteomiky. Proteiny, zejména jejich post-translační modifikace (PTM), jsou jádrem mnoha buněčných událostí a jejich odhalení může pomoci při pochopení mechanismů rakoviny prsu. Pro objevení molekulárních rysů TNBC, je cílem této studie porovnat proteomická data neléčených rakovinných buněčných linií s buňkami, které podstoupily retinoidní terapii. Důraz bude kladen na PTM, zejména glykosylaci a fosforylaci, Vimentinu a CD44, které byly navrženy jako potenciální biomarkery TNBC v předchozích studiích. Proteinová separace bude provedena pomocí 1D a 2D gelové elektroforézy nebo pomocí SEC-HPLC. Vzorky budou také podrobeny enzymatickému štěpení před identifikací pomocí MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie. V případě fosfoproteinového selektivního záchytu bude obohacení provedeno afinitní chromatografií s použitím hrotů pro obohacení fosfopeptidu TiO2 (TopTip). Glykosylované proteiny budou obohaceny pomocí WGA lektinové afinitní chromatografie. Proteiny s významnými rozdíly v PTM mezi ošetřenými a neošetřenými buňkami budou blíže hodnoceny pomocí proteinových databází (MASCOT, STRING a další). Data získaná ze studie budou případně použita k navržení potenciálních biomarkerů pro TNBC.
|
|
|
Molecular mechanisms of the resistence of breast cancer cells to taxanes: the role of ABC transporters
Kopperová, Dana ; Kovář, Jan (advisor) ; Hrdý, Jiří (referee)
Resistance to chemotherapeutics is a widespread phenomenon in cancer cells that may counteract the successful therapy of many patients. In resistant cells, higher level of ABC transporters, among others, often can be detected. This high level of ABC transporters represents a suspected mechanism of acquired cancer resistance. We studied the molecular mechanism of resistance to taxanes in cancer cells using SK-BR-3 and MCF-7 breast cancer cell lines. We analyzed the effect of paclitaxel on apoptosis induction in the originally sensitive cells of these lines as compared to their counterpart resistant cells, developed by gradual adaptation to paclitaxel. In resistant cells of the SK-BR-3 and MCF-7 lines, we did not detected ongoing induction of apoptosis but we did detect significantly increased expression of ABCB1 transporter after paclitaxel application. By silencing the expression of the transport via employment of small interfering RNA (siRNA), we tested the role of the ABCB1 transporter in cells resistant to paclitaxel. We found that resistant cells with silenced expression of the ABCB1 transporter had a statistically significant increase of sensitivity to paclitaxel as compared to control resistant cells with high expression of this transporter. Along with increased sensitivity, we demonstrated...
|
|
|
Using proteomics for screening of potential breast cancer biomarkers
Garcia N Dua, Felicita ; Ing.Anna Kubesová, Ph.D. (referee) ; Flodrová, Dana (advisor)
Breast cancer is one of the most common malignant cancers and the prognosis is closely related to the stage of carcinogenesis process in which it was captured. Lately, attention was focused on the research of new compounds that would reduce the negative impacts of chemotherapy. It was found that retinoids are effective compounds in the fight against cancer. Retinoids have the ability to inhibit tumors of the mammary gland in an early stage of disease. This work deals with the proteomic studies of breast cancer cells and comparing the proteins contained in the cancer cells which were subjected to retinoid therapy. The differences in protein composition were investigated using gel electrophoresis, reversed phase and size exclusion liquid chromatography. The identification and characterization of selected proteins was carried out by MALDI-TOF MS. The use of two-dimensional gel electrophoresis led to the identification of molecular chaperons, which are considered to be important biomarkers not only of breast cancer.
|
guest ::
